改革后的乡镇畜牧兽医站的主要职责是：负责区域内动物强制免疫的监督实施；依法承担动物和动物产品检疫、动物疫情调查、监测、兽药监督管理等工作；承担畜牧、饲料、草原等公益性职能。在县级畜牧兽医行政主管部门按照乡镇或区域设立派出畜牧兽医站的基础上，各地要积极探索有效的基层动物防疫工作的具体管理和运行方式，并保证原乡镇畜牧兽医站承担的免疫注射、疫情普查、畜牧技术推广培训、畜牧生产和疫情统计等各种公益性服务工作的落实。
三、合理核定编制，做好人员分流工作
(一)编制核定。各地要根据本地区各类兽医工作机构所承担的兽医工作职责以及加强公共卫生管理的需要，合理核定兽医工作机构的人员编制。州(市)、县(市、区)畜牧兽医监督管理机构和技术支持机构人员编制由各地结合畜牧业发展情况，按照确保动物防疫、畜产品安全监管和兽医技术支持等工作的需要核定。县(市、区)派驻乡镇的机构或派驻工作人员编制，应结合当地畜牧兽医工作实际，按照当地畜禽饲养量、总人口数和其他相关因素，汇总核定。各州(市)、县(市、区)农业(畜牧兽医)行政主管部门，应尽快商同级机构编制和财政部门提出人员编制方案，按照程序报批。
(二)人员录(聘)用。各级兽医行政主管部门、动物卫生监督机构和动物疫病预防控制机构的工作人员，原则上以现有畜牧兽医工作机构的人员为基础，按照公开、平等、竞争、择优的原则，考核录(聘)用。不足人员，按照人事部门的有关规定公开录(聘)用。
(三)官方兽医和执业兽医。各级兽医行政主管部门、动物卫生监督机构和动物疫病预防控制机构的国家兽医工作人员，经资格认可、法律授权或政府任命，逐步进入官方兽医队伍。从事动物疾病诊断、治疗、免疫和动物保健等经营性活动的兽医人员，必须达到规定的专业知识水平和条件，并经过省级人事和农业行政主管部门培训、考试合格，取得执业兽医资格。
(四)分流人员安置。各地要从维护社会稳定的大局出发，对这次兽医管理体制改革中分流出来的人员予以妥善安置。要鼓励和引导分流人员创办经营实体，从事经营性兽医服务活动。分流到企业或与单位解除劳动(聘用)关系自谋职业的人员，应当按照国家和省的有关规定，依法参加当地社会保险；已经参加了社会保险的分流人员要按照国家和省的有关规定及时办理其社会保险关系转移手续。