GSP要求兽药的进、存、销各个环节都应有可追溯的原始记录，并保证真实、完整、准确、有效，能充分体现所载内容的质量责任。为了使GSP质量管理体系能够充分、适宜、高效地运行，取得预期的效果，在编制GSP质量管理体系文件时应遵循以下原则：
1.合法性原则
文件要符合国家相关法律、法规，并与之保持同步变动，及时调整。
2.实用性原则
文件必须实事求是，既要与有关法规、标准的要求相衔接，又要充分考虑其有效性，应与企业兽药经营与质量管理的实际情况紧密结合。简单的照搬、照抄其它企业的文件而与本企业经营管理无任何内在联系的管理文件，都是无效的文件。
3.先进性原则
文件的编制既来源于实际，又要适当高于实际，要具有一定前瞻性。在编制文件时，应注意学习和借鉴外部的先进管理经验，通过文件的编制和使用不断提高企业管理水平。
4.指令性原则
文件必须明确指出企业、部门、岗位应该做什么，不应该做什么，要在文件中给予明确详细的规定。
5.系统性原则
编制的文件既要层次清晰，又要前后协调，各部门质的量管理程序、职责应紧密衔接。
6.可操作性原则
文件必须具有可操作性，其中所有的规定都要是实际工作中能够达到和实现的。
总之，文件系统就是兽药经营全过程中，提供能够说明并保证兽药安全有效的各方面的证明。为此，在兽药经营过程中，要做到一切行为有标准、一切活动有记录在案、一切工作有人签字负责，一切行为可追溯。